Dal 1500 a inizio 1800,
Napoleone a San Marino
Nel 1503 l'indipendenza della Repubblica è minacciata da Cesare Borgia, detto il Valentino (1475-1507), Signore della Romagna e figlio di Rodrigo Borgia (poi Papa Alessandro VI), che, in quell'anno, riesce ad occuparla per 6 mesi e trasferisce la capitale a Serravalle, ma alla fine, avversato dal nuovo pontefice Giulio II, deve abbandonare l'ambiziosa impresa.
L'inizio del XVII secolo costituisce una tappa importante della storia di San Marino: infatti il Ducato d'Urbino, agli inizi del Seicento, sembra avviarsi alla fine per la mancanza di eredi del duca Francesco Maria della Rovere; quindi, appare scontato che tutto passerà alla Chiesa scombinando l'ingarbugliata rete di legami politici che nei secoli precedenti avevano garantito a San Marino assistenza e protezione. Proprio per questo motivo già nel 1603, anticipando gli eventi, viene stipulato un Trattato di Protezione con Papa Clemente VIII, patto che verrà poi confermato da Papa Urbano VIII nel 1628 ed entrerà definitivamente in vigore nel 1631 alla morte di Francesco Maria e conseguente passaggio del Ducato d'Urbino alla Santa Sede. Ancora una volta San Marino riesce a gestire al meglio la delicata situazione che si era venuta a creare mantenendo la propria indipendenza.
Il Settecento è teatro di una nuova crisi politica riguardante l'autonomia della piccola Repubblica. Infatti il Cardinale Giulio Alberoni, legato pontificio della Romagna, nel 1739 penetra con le sue truppe nel territorio sammarinese approfittando di un banale pretesto, cioè la ricerca di due fuorilegge (Pietro Lolli, ex Consigliere e Capitano Reggente e Marino Belzoppi). Il Cardinale apporta variazioni alle norme di San Marino ed obbliga le autorità a giurare fedeltà allo Stato Pontificio, cosa che scatena atti di ribellione della popolazione, a cui seguono aspri scontri con le truppe del Cardinale. Il 5 febbraio del 1740 tutto si risolve grazie al delegato pontificio Enrico Enriquez (mandato dalla Santa Sede a cui era stato chiesto aiuto): San Marino riesce a riconquistare la sua indipendenza ed ancora oggi tale data viene ricordata come la festività di Sant'Agata (compatrona della Repubblica).
Alla Rivoluzione Francese (1789) si susseguono una serie di avvenimenti che sconvolgono l'Europa. Per la Repubblica di San Marino si presenta il problema di salvaguardare la propria indipendenza dall'aggressiva politica francese, necessità che diviene ancora più imminente nel momento in cui Napoleone porta a termine la conquista dell'Italia Settentrionale e si spinge fino ai confini delle Legazioni. Il governo di San Marino si trova a dover scegliere tra il mantenere l'alleanza con lo Stato Pontificio e il crearne una nuova con la Francia. Uno sbaglio di valutazione infatti potrebbe significare la perdita della tanto amata libertà; per questo assume un atteggiamento molto prudente, evitando uno schieramento finché ciò non si rendesse strettamente necessario. L'evento che pone San Marino di fronte all'obbligo di compiere una scelta risale al 5 febbraio 1797, quando arriva una lettera del generale Alexandre Berthier, destinata ai Capitani, che intima l'arresto e la consegna del Monsignor Vincenzo Ferretti, vescovo di Rimini, accusato di essere istigatore di crimini contro i francesi e quindi fuggito a San Marino con tutti i suoi averi. Un rifiuto comporterebbe l'immediato intervento delle truppe Francesi. San Marino risponde che avrebbe fatto tutto il possibile per assecondare la richiesta francese, anche se in realtà il vescovo riesce a fuggire fuori dal confine. Il merito della soluzione della vicenda va attribuito all'allora Capitano Reggente Antonio Onofri, che riesce anche a guadagnare il rispetto e l'amicizia di Napoleone. Grazie al suo intervento, Napoleone si impegna a garantire e salvaguardare l'indipendenza della Repubblica tramite una lettera consegnata da Gasparre Monge, scienziato e commissario del governo francese per le scienze e le arti, offrendo di ampliarne il territorio secondo le sue necessità. Offerta declinata da San Marino, nel timore che in futuro potessero nascere rivendicazioni dei territori acquisiti, mettendo a serio rischio la libertà del paese, che costituiva e tuttora costituisce il bene più prezioso per i Sammarinesi. Da parte sua, Napoleone, ordina di esentare i Sammarinesi da qualsiasi imposta e dona loro mille quintali di grano e quattro cannoni da campagna, questi ultimi mai arrivati per motivi ignoti. Nelle alterne vicende che seguono, San Marino riesce a salvaguardare i rapporti sia con Napoleone, sia con lo Stato Pontificio.
