La storia di questo periodo vede San Marino in continua lotta per difendere la sua indipendenza e il succedersi di tre occupazioni militari
1503: l’indipendenza della Repubblica è minacciata da Cesare Borgia, detto il Valentino (1475-1507), Signore della Romagna e figlio di Rodrigo Borgia (poi Papa Alessandro VI), che in quell’anno riesce a occuparla per 6 mesi e trasferisce la capitale a Serravalle. Alla morte del padre, avversato dal nuovo pontefice Giulio II, è costretto a rinunciare all’ambiziosa impresa.
Inizio del XVII secolo: il Ducato di Urbino sembra avviarsi alla fine per la mancanza di eredi del duca Francesco Maria della Rovere: è a rischio l’equilibrio di rapporti e protezioni che hanno garantito l’indipendenza a San Marino.
1603: viene stipulato un Trattato di Protezione con Papa Clemente VIII, patto che verrà poi confermato da Papa Urbano VIII nel 1628 ed entrerà definitivamente in vigore nel 1631 alla morte di Francesco Maria e conseguente passaggio del Ducato d’Urbino alla Santa Sede. San Marino riesce così a mantenere la propria indipendenza.
1739: il Cardinale Giulio Alberoni, legato pontificio della Romagna, penetra con le sue truppe nel territorio sammarinese approfittando di un banale pretesto, cioè la ricerca di due fuorilegge (Pietro Lolli, ex Consigliere e Capitano Reggente e Marino Belzoppi). Il Cardinale apporta variazioni alle norme di San Marino e obbliga le autorità a giurare fedeltà allo Stato Pontificio. Tale episodio scatena atti di ribellione della popolazione, a cui seguono aspri scontri con le truppe del Cardinale.
1740: il 5 febbraio, con l’intervento del delegato pontificio Enrico Enriquez inviato in aiuto dalla Santa Sede, San Marino riesce a riconquistare la sua indipendenza ed è per questo che ancora oggi tale data viene ricordata con la festività di Sant’Agata (nominata compatrona della Repubblica).
Napoleone Bonaparte invia a San Marino il Monge
1789: con la Rivoluzione Francese si susseguono una serie di avvenimenti che sconvolgono l’Europa. Per la Repubblica di San Marino si presenta il problema di salvaguardare la propria indipendenza dall’aggressiva politica francese, necessità che diviene ancora più imminente nel momento in cui Napoleone porta a termine la conquista dell’Italia Settentrionale e si spinge fino ai confini delle Legazioni.Il governo di San Marino si trova a dover scegliere tra il mantenere l’alleanza con lo Stato Pontificio e il crearne una nuova con la Francia.
1797: una lettera del generale Alexandre Berthier, destinata ai Capitani, intima l’arresto e la consegna del Monsignor Vincenzo Ferretti, vescovo di Rimini, accusato di essere istigatore di crimini contro i francesi e quindi fuggito a San Marino con tutti i suoi averi.
San Marino gioca di strategia e invece che negare l’aiuto ai francesi risponde impegnandosi a fare il possibilie per assecondare la richiesta francese. In realtà il vescovo riesce a fuggire fuori dal confine.
Il merito della soluzione della vicenda va attribuito all’allora Capitano Reggente Antonio Onofri, che riesce anche a guadagnare il rispetto e l’amicizia di Napoleone. Grazie al suo intervento, Napoleone si impegna a garantire e salvaguardare l’indipendenza della Repubblica tramite una lettera consegnata da Gasparre Monge, scienziato e commissario del governo francese per le scienze e le arti,
Nell’accordo viene anche offerto un allargamento del territorio che San Marino declina per evitare future rivendicazioni e il rischio di perdere la tanto difesa libertà.
Napoleone ordina di esentare i Sammarinesi da qualsiasi imposta e dona loro mille quintali di grano e quattro cannoni da campagna, questi ultimi mai arrivati per motivi ignoti. Nelle alterne vicende che seguono, San Marino riesce a salvaguardare i rapporti sia con Napoleone, sia con lo Stato Pontificio.
La storia continua con l’Ottocento e il ruolo di San Marino nella fuga di Giuseppe Garibaldi.
Napoleone dispone che la Repubblica sia esentata da tributi.
